2013年に県独自に構築した「学習管理」「教材管理」「校務管理」の3つの機能が一元化されたシステム「SEI-Net（佐賀教育情報システム）」を導入、翌年より県立高校生全員が学習用パソコンを所有し（上限5万で保護者負担）、活用開始。ところが2016年6月にネットワークへの不正アクセスにより、生徒の個人情報が窃取される事案が発生。
「管理パスワードの蔵置」や不適切なアカウントの管理、パスワード設定など運用上の問題に加え、SEI-Net自体の脆弱性などが原因と挙げられた。同県では問題を改善すべく対策を講じるとともにセキュリティ対策を強化、その後も効果検証やシステムの改善などさらに教育の情報化を充実させていくとしている。